В сложных геологических условиях бурение структурных скважин осуществляется чаще всего в комплексе с геофизическими методами; бурение дополняет их с целью уточнения деталей строения площади: прослеживание нарушений, выявление перерывов в разрезе, установление возраста слагающих его пород, получение данных о физических параметрах пород, привязка верхних опорных горизонтов, расшифровка других структурно-параметрических особенностей. Отдельные структурные скважины, вскрывающие в процессе подготовки площадей верхние перспективные или нефтегазоносные комплексы, выполняют структурно-поисковые задачи по оценке нефтегазоносности разреза. На глубинах больше 2000 м, а также в условиях несоответствия структурных планов картирование структур с помощью бурения структурных скважин является неэффективным.
Бурение структурных скважин финансируется за счет оперативных средств госбюджета.